制药工厂洁净车间是指无生命的悬浮粒子浓度和有生命的细菌微生物微粒数量均受控的房间，其中有生命的细菌微生物微粒为主要控制对象。压差控制是维持洁净车间洁净度等级、减少外部污染、防止交叉污染的最重要、最有效的手段。
　　一、洁净车间压差具有如下作用：
　　（1）洁净车间门窗关闭时，防止周围环境的污染由门窗缝隙渗入洁净车间内；
　　（2）洁净车间门窗开启时，保证足够的气流速度，尽量减少门窗开启和人员进入瞬时进入洁净车间的气保证气流方向，以便把进入的污染减小到最低程度。
　　国内外标准、规范，对于洁净车间的对外压差做了规定，或者给出了压差控制的要求和指南。当洁净车间内工艺生产或活动使得室内空气内含高危险性的物质，如青霉素等高致敏性药物、高传染性高危险的病毒、细菌等，洁净车间压差需保持相对负压。
　　二、洁净车间压差控制方法
　　1、风量控制
　　空调系统通过对系统内各区域的送风﹑回风及排风风量的合理设计和调节来达到各个不同洁净级别之间以及室内外压差要求。对于需维持一定压差的洁净车间，进入房间的风量和排出房间的风量是平衡的。
　　SA=RA+EA+LA（1）
　　其中，SA为送风量，RA为回风量，EA为排风量，LA为漏风量。当房间对外漏风时，漏风量为正，反之则为负值。漏风量是和房间的对外压差以及房间之间的压差相关的。
　　通过合理的设计以及调试，可以达到设计要求的压差值。
　　2、缓冲室及缓冲室压差控制
　　为了更好的控制洁净车间的洁净度，并减少洁净车间内部与外部环境的相互影响，缓冲室被广泛用于洁净车间布局设计中。缓冲室可以设计成多个，且可以利用更衣室等房间作为缓冲室。
　　缓冲室的压差设置通常有3种：
　　其一是从高净化级别房间到低净化级别房间或非净化区压差依次降低，这可以有效防止低级别或无级别房间对高级别房间的影响；
　　其二是缓冲室对两边的房间均为正压，这样可以有效防止两边房间的相互干扰；
　　其三是缓冲室对两边的房间均为负压，这样也可以有效防止两边的相互干扰。
　　正压缓冲室通常被称为“正压井”，国外称为“Bubble AL”。对于大空间的洁净车间，保持较高的正压值有一定的困难，通常也会设置一个对两边都是正压的缓冲室，从而降低大空间洁净车间的正压值。
　　3、独立压差控制送回风系统
　　一般洁净车间只设置一套空调系统，以实现温湿度和压差的控制。由于进行压差控制需对系统内送、回、排风量进行调节，系统的稳定性因此下降。对于系统内压差影响因素变化较多且压差控制要求较高的洁净车间，可采用两套空调系统。其中一套空调系统恒定风量，对室内的温湿度进行控制；另外一套系统主要用于控制洁净车间的压差。由于压差控制由独立的系统提供，调节方便且不会影响到房间的温湿度控制。
　　4、变风量回排风控制压差
　　一般对于洁净车间的压差控制是在洁净车间的送、回、排风支管上安装手动风量调节阀，在系统调试时调节手动风量调节阀的开度，将洁净车间压差调整至设定值。由于洁净车间运行过程中，洁净车间的压差可能会发生变化，甚至超出可接受的范围，此时再有人工进行调整。
　　这种控制方法可能存在人为误差。对于压差控制要求很高的洁净车间，一般采用一定的自控手段，以简化操作，消除不必要的误差。
　　通常在房间的送风支管上设置定风量阀，维持房间送风量恒定；在房间的回排风支管上设置变风量阀，在房间内设置压差传感器。根据压差传感器的反馈信号，控制变风量阀的开度，从而维持房间压差恒定。
　　5、余压阀
　　余压阀是一种用于房间压差控制的简单方法。余压阀工作的基本原理是当洁净车间内压差超过设定压差时，减压阀门自动打开，当低于设定压差时，阀门恢复关闭状态，从而起到维持房间压差的作用。由于余压阀控制压差存在交叉污染的风险，现在的药厂洁净车间压差控制已经很少采用余压阀了。
　　6、正负压切换控制
　　对于部分洁净车间，由于其生产活动的变化，房间对外压差可能有正负压切换的需求，如正负压切换手术室。对于需要正负压切换控制的洁净车间，通常通过调整洁净车间的排风量来实现正负压切换。房间维持正压时，排风量较小，房间维持负压时，排风量较大。
　　具体的风量通过计算确定，通常根据计算结果选用两台排风机，正压运行时只开启一台排风机，负压运行时同时开启两台排风机。